اعتُمد القرار المتعلق باستحداث إدارة الشؤون الإنسانية في الدورة الخامسة والثلاثين لمجلس وزراء الخارجية، المعقودة في يونيو 2008 بكمبالا في أوغندا. وكان الهدف من تأسيس الإدارة هو تنسيق المساعدات الإنسانية وتنفيذ برنامج العمل العشري والقرارات الأخرى ذات الصلة الصادرة عن القمة الإسلامية ومجلس وزراء الخارجية، وتضطلع منظمة التعاون الإسلامي بالعمل الإنساني داخل الدول الأعضاء وغير الأعضاء في المنظمة منذ عام 2008.
وتشمل مهام الإدارة حشد الإغاثة الطارئة والمساعدة الإنسانية وإعادة التأهيل، فضلاً عن الترويج لأنشطة الحد من مخاطر الكوارث في بلدان منظمة التعاون الإسلامي والبلدان التي تضم مجتمعات مسلمة.
ومن ضمن أهدافها، وضع استراتيجيات لأعمال الإغاثة، وزيادة الوعي بالأزمات الإنسانية واستراتيجيات الاستجابة، وتقديم المساعدة الإنسانية للبلدان التي تواجه كوارث طبيعية أو غيرها من حالات الطوارئ أو المعرّضة لمثل تلك الكوارث، والتنسيق مع الدول الأعضاء فيما يتعلق بجهود الإغاثة، ووضع آليات للاستجابة السريعة للأزمات الإنسانية، وحشد الموارد للمساعدة الإنسانية بالتنسيق مع الدول الأعضاء، والمساهمة في إعادة التأهيل والتعافي في المرحلة اللاحقة لحالة الطوارئ في البلدان الخارجة من النزاعات والكوارث الطبيعية، والتنسيق والإشراف على صناديق وبرامج منظمة التعاون الإسلامي للمساعدة الإنسانية، وتعزيز القدرات المؤسساتية والفنية للدول الأعضاء للتعامل مع حالات الطوارئ وتقليل التعرض للكوارث الطبيعية، وإقامة شراكات استراتيجية ضمن المجتمع الإنساني بما يتماشى مع مبادئ منظمة التعاون الإسلامي.